Jean-Claude Berutti ist freischaffender Regisseur. Von 2002 bis 2011 war er Intendant der Comédie de Saint-Etienne, einer der bedeutendsten Theaterbühnen Frankreichs. Seine Vorliebe gilt der Wiederentdeckung seltener oder vergessener Texte.
Im Bereich der Oper inszeniert Jean-Claude Berutti seit mehr als 20 Jahren selten aufgeführte Werke des Repertoires: Louise von Gustave Charpentier (La Monnaie in Brüssel, 1983, Oper Frankfurt, 1986), Manfred von Schumann (La Monnaie, Opéra de Lyon, 1993), Le Meuble Rouge von Alberto Bruni-Tedeschi (Opéra d'Avignon, 1995), Il Mercato di Malmantile von Cimarosa (Opéra du Rhin, Straßburg, 1996), Dantons Tod von Gottfried von Einem (Opéra Royal de Wallonie, 1998), Faust von Gounod (Opéra de Lyon, 2000), Passagio von Berio (Ensemble Intercontemporain, Paris, 2001), Rusalka (Opéra National de Lyon und New Israeli Opera in Tel Aviv, 2002), Lohengrin von Sciarrino (Ensemble Inter-contemporain, Paris, 2002), L'incoronazione di Poppea von Monteverdi (CNSM, Paris, 2004), König Kandaules von Zemlinsky (Opéra Royal de Wallonie, Opéra National de Lorraine, 2006), L'elisir d'amore von Donizetti (Oper Leipzig, 2007), Wiener Blut von Johann Strauβ (Opéra National de Lorraine, Nancy, 2008), Tannhäuser (Opéra National de Bordeaux, 2009), Otello von Verdi (Opéra national de Lorraine, 2010).
Zu seinen erfolgreichsten Inszenierungen der letzten Jahre im Bereich Sprechtheater zählen etwa Les Temps difficiles von Edouard Bourdet an der Comédie-Française und Goldonis vergessene Trilogie Zelinda und Lindoro, die bei der Biennale von Venedig 2007 mit dem Lioncino dóro ausgezeichnet wurde. Zuletz inszenierte er u. a. Gorkis Sommergäste und Shakespeares Hamlet bei den Bad Hersfelder Festspielen sowie Molières Le malade imaginaire am Nationaltheater in Zypern. Mit der von ihm gegründeten Compagnie Jean-Claude Berutti präsentiert er diese Spielzeit in Frankreich Total glücklich! von Silke Hassler und Je pense à Yu von Carole Fréchette.
Jean-Claude Berutti hat mit den verschiedensten Dirigenten zusammengearbeitet wie etwa Sylvain Cambreling, Philippe Herreweghe, Jonathan Nott, Emmanuelle Haïm, Bernhard Kontarsky, Emmanuel Krivine, Christophe Rousset oder Ivan Fischer.