Marko Werner studierte an der Hochschule für Musik und Theater Rostock. Gastverträge führten ihn ans Volkstheater Rostock sowie ans Staatstheater Braunschweig. Seit der Spielzeit 2003/2004 gehört Marko Werner zum Ensemble des Staatstheaters und war hier bisher u. a. in LaButes »Das Maß der Dinge«, »A Clockwork Orange« von Burgess, Melvilles »Moby Dick«, in Sartres »Die schmutzigen Hände«, der Uraufführung »Ich möchte Teil einer Jugendbewegung sein« sowie in Brechts »Dreigroschenoper« zu sehen. In über 70. Vorstellungen stand er als Werther in »Die Leiden des jungen Werther« auf der Bühne. Des weiteren arrangierte er für verschiedene Produktionen die Bühnenmusik. 2009 wurde er mit dem Förderpreis für junge Theaterkünstler der Gesellschaft der Staatstheaterfreunde in Braunschweig e.V. ausgezeichnet. Neben dem Theater drehte er u. a. für das ZDF.


Außerdem konzipierte er unter dem Künstlernamen markoma1 die Ausstellung »TelePhotografie«, die mit wechselnden Inhalten seit November 2009 im Haus Drei zu sehen ist.